生殖器疣的手术方法有很多种，包括电烧，剪切术，刮除和激光治疗。只要谨慎操作，简单的手术就能清除疣体，使患者非常满意。
外科手术可作为首选，大部分患者可在局麻下进行。建议浸润麻醉前常规使用局麻乳膏，能明显减少注射时的不适。使用100mg利多卡因即能使组织快速浸润麻醉。亦可辅助应用肾上腺素以减少出血，但阴茎和阴蒂禁用，最好不要选择复方制剂，以防意外发生。
常用的有高频电烧、剪切术、刮除术和激光手术等，当皮损较少时，适合剪切术，术后辅以电烧控制出血，并破坏残余的疣体。据报道，高频电烧和剪切术清除率分别为94%～100%和89%～100%，复发率为19%～29%。若疣体数量少，则刮除术是一种简单有效的治疗方法，术中可以用电烧或硝酸银止血。二氧化碳和YAG激光亦可用于较小的疣体。但无论是高频电疗还是激光手术，操作时均应戴口罩，使用排烟装置。成形手术作为最低级别的推荐方法，对于巨大疣、广泛疣、肛周疣或肛内疣、儿童特殊疣体是一种最简便的方法，需在全麻下由外科医生执行。
有研究数据显示，只有外科治疗初期清除率接近100%，其他所有疗法均会复发。复发率>20%～30%。所有治疗方法均会伴随瘙痒、烧灼感、糜烂和疼痛等局部皮肤反应。
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