尖锐湿疣的治疗一般分为药物治疗和物理治疗，其中药物治疗适用于较小疣体，尤其是疣体数目较多的情况采用药物治疗比物理治疗具有很大的优势，而对于大于较大的疣体如使用药物治疗，则治疗时间较长，患者多不愿接受。
1、药物治疗给患者带来的痛苦要比物理治疗小一些物理治疗在临床上用得多的为激光治疗，激光治疗术前要注射麻药，治疗时用高能激光束烧焦疣体，使其碳化，数天后焦化疣体脱落。因外阴部神经丰富，患者通常要忍受比较强烈的疼痛;相对于激光治疗，药物治疗所带来的痛苦要小得多，大多为轻微的不适感，有些患者会在上药时感到疼痛和发痒的感觉，通常比较轻微。
2、药物治疗恢复时间短物理治疗从治疗开始-创面完全愈合-创面处皮肤恢复正常，整个过程约需要20天左右，而药物治疗整个过程只需要几天时间。药物治疗对皮肤的损伤要小一些，疣体脱落后创面恢复时间短，一般只须1-3天。治疗后创面恢复时间越长，说明所受损伤越严重。
3、药物治疗后发生感染、留疤痕的可能性要比物理治疗小。而发生感染则容易引起下一次尖锐湿疣复发，这也是物理治疗容易复发的原因之一。
4、药物治疗在去除疣体以后，还可以治疗疣体周围的病毒感染即尖锐湿疣亚临床感染，有效抑制尖锐湿疣复发
激光治疗方法虽然理论上可以用浅表凝固法治疗亚临床感染，但在实际临床中却很难开展这项工作，因为可能会因操作不当给患者造成广泛糜烂，故多数医院不愿冒此风险。
以上的这些有点都是建立在正确的使用方法基础上，如某些患者治疗心切急于求成，擅自加大涂药量，则可能造成不应有的副作用。因此尖锐湿疣药物治疗一定要在专业人士的协助下，制定适合自己的用药方案，坚持按疗程用药治疗。
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