特发性三叉神经痛病因目前尚无明确的定论，现在各学科均无法解释这类疾病的临床症状，医学界当下所支持的是三叉神经微血管压迫导致神经脱髓鞘学说及癫痫样神经痛学说，该病患者年龄多在40岁以上，以中、老年人为多，女性多于男性，约为3∶2。
现代医学对三叉神经痛的原因尚不明确，目前提出几种学说可能与三叉神经痛有关。
1、短路学说：认为神经髓鞘崩解可能引起相邻两纤维之间发生“短路”，轻微的触觉刺激即可通过“短路”传入中枢，而中枢传出冲动也可再通过“短路”成为传出冲动，达到痛觉神经元的阈值而引起疼痛。
2、脱髓鞘学说：三叉神经感觉根或半月节或三叉神经周围支受到压迫或损害发生脱髓鞘性变;部分神经髓鞘脱离使原来神经束的抑制作用减弱或消失，增加了三叉神经背核反向的自我激发及重复发放，使受损的神经变得敏感，产生疼痛。
3、病毒感染学说：如带状疱疹易累及三叉神经第一支引起疼痛。
4、其它：遗传学说、颈神经学说、变态反应学说等等。
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