肛周脓肿一经确诊，应立即手术，手术愈早，效果愈好。肛门脓肿的手术治疗方法可以发为两种：
1、一种方法是先将脓肿切开排脓，待脓腔缩小或成痰后再作根治手术，治疗时间相对较长，以往多采用这种方法。
2、另一种方法是将肛门脓肿一次性切开根治，避免了二次手术的痛苦，治疗过程相对较短，故目前多采用这种方法治疗肛门脓肿。
西医治疗：
肛周脓肿主要是抗感染治疗，脓肿形成的切开引流。少数肛周脓肿用中药、抗生素、热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数患者需要手术切开脓肿，引流脓液，防止扩散，减轻患者的病痛。
保守治疗：
例如新生儿肛周脓肿是发生在新生儿肛门直肠周围的急性化脓性感染，它的感染来源于肛门内的肛管和直肠交界处是一个叫肛窦的组织，感染菌主要是粪便中的大肠杆菌，感染一旦发生就没有自愈的可能，新生儿皮肤娇嫩，免疫力低下，抵抗力差，皮脂腺分泌旺盛再加上新生儿长时间使用尿不湿易致皮炎，致使毛孔汗腺皮脂腺感染形成脓肿，近几年由于人工喂养及尿不湿的广泛使用，新生儿肛周脓肿逐年增加。新生儿肛周脓肿大都是皮下感染，位置较浅，保守治疗不但创伤小，痛苦小恢复快，不留瘢痕，家长均易接受，极个别保守治疗无效者最后手术治疗。
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