口服与注射型的小儿麻痹疫苗，两者的保护效力是差不多的，但也各有其优缺点，必须依照各个国家的防疫政策与经济状况来选择。口服疫苗属活性减毒疫苗，优点是方便、便宜，更因为它可以经由粪便排出，使接触者也同样受到疫苗的作用，而兼具有群体免疫的效果：缺点则是接种前后半小时需要禁食，且因为是活性疫苗，有75万～3百万分之一的机率会引起小儿麻痹症状。
注射型疫苗的优点是为非活性疫苗，所以没有致病风险，但价钱贵(是口服疫苗的几十倍)则是其最大缺点，此外它也无法引起群体免疫。从前台湾的小儿麻痹盛行率较高，因此政府全面采用口服疫苗以达成群体免疫：之后随着多合一疫苗上市与国民经济力提升，自费选择含注射型小儿麻痹疫苗的多合一疫苗比例渐增。
目前虽然其盛行率已低，但为求加强小儿麻痹的防疫，所以卫生署仍建议选择接种含注射型小儿麻痹疫苗之多合一疫苗(五合一、六合一)的宝宝，能配合后续疫苗接种的时程，再口服两剂小儿麻痹疫苗，造福他人。此为国家防疫政策考量，并非疫苗优劣的问题。
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