临床诊断功能性消化不良时必须排除消化系统器质性病变，如有消瘦、贫血、吞咽困难、消化道出血等，则不应轻易诊断功能性消化不良。
有些功能性消化不良病人可以合并有肠易激综合征的症状，肠易激综合征的病人也可有功能性消化不良的症状，两者的诊断应根据主要的症状及客观检查而定，不应将肠易激综合征伴有消化不良症状的病人诊断为功能性消化不良。那么，治疗消化不良的医院怎么选?
要选择有较好设备的医院。近年来，很多消化不良医院的医疗设备都进行了更新和充实。有了好的先进的仪器和设备，还需要专业技术人员正确地使用、掌握及操作。因此言就诊时应根据实际情况和可能，尽量选择医疗设备先进、检查手段先进齐全。诊断治疗器械完善，专业技术力量雄厚的医院。若所患疾病是疑难病症，则更需要较好的设备和使用这些设备的专业技术人员。
医院口碑。医院的治疗效果如何不是依靠做一些广告，说着医院如何如何的好，治疗效果怎样的好，而且通过真实的治疗消化不良患者口口相传的，这样比广告更具有效，毕竟人的讲述，比如何的广告的都有效，所以，治疗消化不良医院的口碑不是广告大出来的，而是人们通过真实的经历，知道医院治疗效果显著。
而且患者到这样的治疗消化不良医院，心态都要好一些，更是有利于消化不良病情的医治。
专家团队。名校之所以吸引众多学子是因为有名师，而好的治疗消化不良医院更是少不了名医的坐阵。强大的专家团队不仅有着高超的医疗水平，而且能让消化不良患者更加放心的就医，在名医的指引下，消化不良患者也会增加治愈疾病的自信心，从而能更快更好地恢复健康。
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