对于慢性肠炎这种疾病，很多人并不重视。只有到了“病来如山倒”的时候，才后悔莫及。此病不及时治疗的话后果是很严重的，并发症也会随之而来。慢性肠炎常见的并发症主要有几下几种：
(1)中毒性结肠扩张：在急性活动期发生，发生率约2%，是由于炎症波及结肠肌层及肌间神经丛，以致肠壁张力低下，呈节段性麻痹，肠内容物和气体大量积聚，从而引起急性结肠扩张，肠壁菲薄，病变多见于乙状结肠或横结肠。
诱因有低血钾、钡剂灌肠及使用抗胆碱能药物或鸦片类药物等。临床表现为病情迅速恶化，中毒症状明显，伴腹胀、压痛、反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞增多，X线腹平片可见肠腔加宽，结肠袋消失等。容易并发肠穿孔病死率可达11%～50%。
(2)溃疡穿孔：在结肠扩张基础上易引起溃疡穿孔并发急性弥漫性腹膜炎。
(3)溃疡出血：因溃疡累及血管发生出血外，低凝血酶原血症亦是一个重要原因。
往往因出血量大而需要治疗。
(4)癌变：癌变的发生与疾病时限和病变范围有关，病程越长，范围越广，癌变越多。发生率约5%，比无结肠炎者高10倍，多见于结肠炎病变累及全结肠、幼年起病和病史超过10年者。
(5)结肠狭窄和肠梗阻：修复过程中，大量纤维组织形成的瘢痕可引起结肠狭窄和肠梗阻，多见于结肠远端。
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