慢性肠炎本身并不遗传，只是相对来说，亲属中有患有慢性肠炎的人，得病的几率相对来说较大。
1、遗传：本病的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结慢性肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。
2、免疫力低下：多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病(如自身免疫性溶血性贫血)者较多，所以提高免疫力也是防治慢性肠炎重中之重。
3、滥用抗生素：很多人遇到疾病会滥用氨苄、头孢等抗生素，这些抗生素会直接刺激肠道，还可以引起肠道菌群失调，使肠道内正常的大肠杆菌减少有害菌大量繁殖引起慢性肠炎。
4、饮食不注意：包括饮食因素如饮食不当引起的腹泻，食物过期如牛奶过期、及不清洁的环境、气候的突变、生活规律的突然改变均可以引起腹泻。
慢性肠炎遗传不是必然的。IBD发病的另一个重要现象是IBD患者一级亲属发病率显着高于普通人群，而患者的配偶发病率不增加。瑞典一项大规模的研究发现，CD发病率单卵双胞显着高于双卵双胞。
已有大量关于IBD相关基因的报道。早期研究主要集中在HLA等位基因以及细胞因子基因多态性上，但报道的结果不一，主要可能与不同种族、人群遗传背景有关。近年对基因组进行定位克隆，在IBD家族的大样本研究发现，IBD的易感点位于第3、7、12、16号染色体上，有关研究尚在深入进行中。认为，IBD不仅是多基因病，而且也是遗传异质性疾病(不同人由不同基因引起)，患者在一定的环境因素作用下由于遗传易感而发病。
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