慢性肠炎可能由急性肠炎迁移或反复发作而来，病程多在2个月以上。长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良，都有可能引起慢性肠炎的原因，慢性肠炎急性发作时，可能会发高热、腹部绞痛、恶心呕吐、大便急迫等。
慢性肠炎病人多半身体虚弱、抵抗力差，因而更应注意饮食卫生，不吃生冷、坚硬及变质食物，不喝酒，不吃辛辣刺激食物。
在治疗慢性肠炎时，如果是病菌感染性的慢性肠炎，可以采取的是病原治疗的方法。根据不同的病菌采用不同的抗菌药。当然，对于有的病菌来说，很轻微时，可不用抗菌药也能自愈。另外，病毒性的慢性肠炎也不需要，一般可自愈。
慢性肠炎治疗重点不在药物，而在于平常的饮食。只有通过精神调适和改变行为等方式，才能从根本上调整胃肠道功能紊乱。传统治疗上应用饮食疗法、保持心情愉快对症状也是有帮助的。
饮食应选用易消化的优质蛋白质食品，如鱼、蛋、豆制品及富含维生素的新鲜嫩叶菜等。最好食用菜汁。因为慢性结肠炎病人消化吸收功能差，应采用易消化、半流、少渣饮食，少量多餐，以增加营养，改善症状。
患者在日常生活中应加强饮食卫生和水源管理;不吃腐败变质的食物，不喝生水，生吃瓜果要烫洗，要养成饭前便后洗手的良好习惯。
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