一些生殖畸形的患者会出现阴茎缩到体内，使阴茎看上去会很小。常常会误认为这是这就是小阴茎，其实这个只是隐匿性阴茎。其实，他们的阴茎并不小，发育也正常，只是阴茎的大部分隐匿在皮肤或脂肪组织中。以致从外表上看阴茎短小，甚至只看到一些包皮皱褶，尿液也只是从这些皱褶中射出来。这种情况，医学上称为隐匿性阴茎。
在同样长度的阴茎海绵体人群中，胖人外表看上去显得短，而瘦人就显得长，因此，医生总是强调，测量阴茎长度时，必须把尺的—端顶住耻骨，以尽量减少因脂肪层薄厚而引起的误差。这种情况多见于小儿，因为青春期前，阴茎尚未发育，本身比较小，再加上肥胖就显得更小，实际上，这种情况如果表现在小儿身上，也可以不被看着是真正的隐匿性阴茎。待青春期发育后，阴茎往往会随之增大.所以，一般不需要特殊治疗。
另一种情况则不然，是一种真正的隐匿性阴茎，由于腹部皮肤没有紧贴阴茎延伸，而是直接连接至阴茎头的冠状沟部。就好像给阴茎海绵体套上了一个“蝙蝠袖”，以至看不到圆柱状的阴茎，只看到露在皮肤外的阴茎头。这种患者只需要做一次整形手术，把“蝙蝠袖”改成“紧身袖”，阴茎就显露出来了。
为了区别是隐性阴茎还是小阴茎，可采用一种简单的方法来鉴别，从阴茎头起沿着皮肤扪摸阴茎海绵体。如果摸到的阴茎海绵体与同龄人差不多，那就很可能是隐匿性阴茎；倘若阴茎体很短或很细，与同龄人不符，则可能是小阴茎，总之是摸而不是看。
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