慢性直肠炎的病因还不明，可以是不明原因(如溃疡性直肠炎和克罗恩病)，或者是由性传播疾病如淋病;梅毒，常是继发的;衣原体结膜炎;单纯性疱疹或巨细胞病毒(cmu)或由其他感染(如弯曲菌，志贺菌，沙门菌)引起;这可与先前的抗生素应用有关。
慢性直肠炎的治疗一般不是针对病因的。慢性直肠炎病程长，反复发作，故慢性直肠炎的治疗亦十分棘手。慢性直肠炎的治疗方法主要有以下几种：
(一)调理：病人适当休息，进清淡、少渣、营养丰富、无刺激性的食物，并做到心情愉快，劳逸结合。
(二)全身治疗：
1、可根据病情口服、肌注或静滴抗生素。
2、中药治疗：
(1)慢性期体虚无力，以排粘液为主。
(2)慢性直肠炎急性发作时，予以清热解毒、润肠通便。
慢性直肠炎的治疗：最主要的是要及时到肛肠门诊进行检查治疗，不要轻视慢性直肠炎的治疗。
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