济生肾气丸与金匮肾气丸的主要区别在于成分与功效侧重。济生肾气丸在补肾基础上增强利水消肿作用，适用于肾虚水肿；金匮肾气丸则侧重温补肾阳，用于肾阳不足引起的腰膝酸软等症状。
济生肾气丸在六味地黄丸基础上加入车前子、牛膝等利水渗湿药材，强化了利水功效。金匮肾气丸则以附子、桂枝为主药，配合地黄等药材，突出温阳作用。两者虽均含熟地黄、山药等补肾基础成分，但辅药配伍差异显著。
济生肾气丸主治肾虚水肿、小便不利，其利水作用能缓解下肢浮肿、排尿困难。金匮肾气丸针对肾阳不足导致的畏寒肢冷、夜尿频多，通过温补肾阳改善机体能量代谢。
济生肾气丸适用于慢性肾炎、肾病综合征等以水肿为主的病症。金匮肾气丸更常用于功能性腰痛、性功能减退等肾阳虚证候，对肾上腺皮质功能低下也有辅助调节作用。
济生肾气丸现代多用于心源性水肿、更年期水钠潴留等继发性水肿。金匮肾气丸则用于骨质疏松、甲状腺功能减退等代谢性疾病，其温阳特性有助于改善基础代谢率。
济生肾气丸不宜与利尿西药联用，可能加重电解质紊乱。金匮肾气丸阴虚火旺者禁用，服药期间忌食生冷。两者均需中医辨证使用，不可自行长期服用。
选择中成药时应结合具体症状与体质，肾虚水肿明显者优先考虑济生肾气丸，以畏寒、代谢低下为主症则选用金匮肾气丸。服药期间注意监测血压、肾功能等指标，避免辛辣刺激饮食，保持适度运动有助于药物吸收。若服药两周无效或出现口干、心悸等不良反应，应及时停用并咨询中医师调整方案。
