指甲真菌化验阴性通常提示未检测到真菌感染，但可能存在假阴性或非真菌性甲病。甲真菌病的确诊需结合临床症状、镜检和培养结果综合判断，阴性结果时仍需排查其他病因。
临床常见情况是取样不当导致假阴性。甲板深层真菌可能未被刮取到，或患者近期使用过抗真菌药物干扰检测。建议重复取样时选择病变最严重的甲屑，停用药物一段时间后复查。部分非皮肤癣菌如念珠菌、霉菌感染可能对常规培养不敏感，需采用特殊培养基延长培养时间。
非真菌性甲病易被误认为真菌感染。银屑病甲可表现为甲板增厚、分层，但多伴有甲凹点或油滴样改变。扁平苔藓甲常见甲板变薄、纵嵴，严重时出现翼状胬肉。外伤性甲营养不良常有明确外伤史，表现为甲板横沟或颜色改变。湿疹累及甲周时可导致甲板凹凸不平，但多伴皮肤苔藓化。
建议保持甲部清洁干燥，避免外伤和化学刺激。合并手足多汗者可外用氯化铝溶液，糖尿病患者需严格控制血糖。若甲板持续异常，可进行甲母质活检或PCR检测提高检出率。日常修剪指甲应使用消毒器械，与他人分开使用指甲剪等个人物品。
