婴儿大便中检出真菌可能是正常现象，也可能与肠道菌群失衡或感染有关。真菌性肠炎、抗生素使用、免疫低下等因素均可导致该结果，需结合临床症状综合判断。
健康婴儿肠道本身存在少量共生真菌，如念珠菌属，通常不会引起症状。母乳喂养婴儿因乳汁含低聚糖可能促进某些真菌生长，若婴儿无腹泻、血便、发热等症状，粪便检出少量真菌无须过度干预。早产儿或低体重儿因肠道屏障功能未完善，更易出现暂时性真菌定植，多数随月龄增长自行恢复。
若婴儿同时出现黏液便、排便次数异常增多、肛周红肿或顽固性尿布疹，可能提示真菌过度繁殖。长期使用广谱抗生素会破坏肠道菌群平衡，导致白色念珠菌等条件致病菌增殖。免疫缺陷患儿如HIV感染或先天性免疫疾病患者，粪便真菌阳性需警惕侵袭性真菌感染风险，可能伴随呕吐、腹胀等全身症状。
建议家长保留异常大便样本供复检，避免使用消毒湿巾清洁臀部以防干扰检测结果。母乳喂养母亲可暂时减少高糖饮食，配方奶喂养者可咨询医生是否需要更换水解蛋白奶粉。任何情况下均不应自行使用抗真菌药物，确诊真菌性肠炎需在医生指导下规范治疗，通常采用制霉菌素悬混液等肠道不吸收药物。
