中医治疗鼠疫首先要区分鼠疫的类型，腺鼠疫需清热解表，消肿解毒。肺鼠疫需清热解毒，凉血止血。败血型鼠疫治疗是凉血、清营解毒。根据病情、疾病类型，对症治疗。
一、腺鼠疫治疗
腺鼠疫主要症状是寒颤高热、脸部发红、口渴、神识模糊等，而观察舌苔也会发黄。中药可用黄芩、连翘、板蓝根、元参、黄连、薄荷、赤芍、夏枯草、生甘草等治疗。
二、肺鼠疫
肺鼠疫主要有高热烦渴、咳嗽呼吸受阻、咳血等表现，主要是清热解毒，凉血止血治疗。可用生石膏、水牛角、生地、黄连、丹皮、知母、半夏、仙鹤草、全瓜蒌等来治疗，用药量需要根据病情决定。
三、败血型鼠疫
主要表现为便血尿血、肢体发冷、面色发白，需凉血、清营解毒。淡竹叶、丹皮、生地、白茅根、元参、黄连、生石膏、紫草、侧柏叶等药物很起作用。
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