内分泌失调：如黄体功能不全、甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、高雄激素血症、高泌乳血症等。
免疫因素：生殖免疫问题，母体内存在抗子宫内膜抗体、抗精子抗体等;自身免疫疾病：系统性红斑狼疮、混合性结缔组织病等。
子宫异常：子宫畸形、宫腔粘连、子宫肌瘤等。
染色体问题：16三体、21三体、13三体、18三体等;高龄孕妇卵子老化及精液异常均可导致染色体异常。
生殖道感染：TORCH感染可引起胚胎死亡或流产，较轻度感染可以引起胚胎畸形。
环境因素：X射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素，以及重金属等影响受精卵着床或直接损害胚胎而导致流产;各类化学药物，如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉气体、糖尿病药等可干扰、损害生殖功能，致胚胎流产、死胎、畸形、发育迟缓及功能障碍等。
不良生活习惯：如吸烟、酗酒、咖啡、毒品、某些药物等均影响早期胚胎发育。
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