泌尿及生殖道衣原体感染称为衣原体尿路感染。使人类致病的衣原体有3种即生殖道沙眼衣原体(CT)、鹦鹉热衣原体和肺炎衣原体。百分之四十到五十的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体引起。衣原体是介于细菌与病毒之间的细胞内寄生物，直径250～500nm，用显微荧光测定法已测知至少有A，B，Ba，C-K，Ll-3等15种血清型，其中8型(D、E、F、G、H、I、J、K)已证实与泌尿生殖道感染有关;D，G，L1，L2与直肠感染有关。
不同型别感染引起的泌尿生殖道炎可能对临床表现有影响;同种血清型衣原体感染的复发与淋球菌合并感染有关。衣原体所致的非淋球菌性尿路感染主要由性交传播，潜伏期1～3周。感染特点为男性常感尿道刺痒及排尿微痛，可有尿频、尿急、尿道口红肿和少量黏性分泌物溢出。本病临床表现与淋菌性尿道炎相似，唯程度较轻。部分患者尚可并发前列腺炎、附睾炎及睾丸炎。女性尿道炎症状常不明显，以黏液脓性宫颈炎最明显，也可伴有前庭大腺炎、阴道炎、盆腔炎。
本病一般潜伏期1～3周，男性常感尿道刺痒及轻重不等的尿痛及烧灼感，疼痛较淋病轻，尿道口轻度红肿，常有浆液性或浆液脓性尿道分泌物，较淋病性尿道炎分泌物稀薄而少，或仅在晨起时发现尿道口有白膜形成。有的患者症状不明显或无任何症状，而往往被误诊。女性患者主要感染部位为子宫颈，尿道炎症状不明显，常表现为急、慢性宫颈炎和宫颈糜烂、白带增多或者轻度排尿困难和尿频，亦可完全无症状。
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