对于先天性口腔溃疡的治疗，以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。
需要引起注意的是，经久不愈，大而深的舌头溃疡，有可能是一种癌前病损，极易癌变，必要时做活检已明确诊断。
1、姜水漱口
口腔溃疡用热姜水漱口，每日2~3次，一般6~9次溃疡面即可收敛。
2、维生素B2
将维生素B2研为细粉状，用适量香油调匀，做成稀糊状，涂于溃疡表面，每日4～6次。具有不苦，不涩，味香，无刺激性，止痛等良好功效。连用2～3天，口腔溃疡可获愈。
3、浓茶漱口
用浓茶漱口，因茶中含有多种维生素，能防治各种炎症，对口腔溃疡面的康复，有一定辅助治疗作用。
4、萝卜藕汁
取生萝卜2只，鲜藕一段洗净捣烂绞汁去渣，用汁含漱，每日3次，连用4天可见效。
5、维生素C片
将维生素C药片压成面，涂在患处，一两次就有效。
也可将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可;若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉。每日用药2～3次，溃疡小者用药1～2次即愈，溃疡大者用药2～3次，疼痛可显著减轻，2～3天溃疡面即可痊愈。
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