非淋菌性尿道炎是指由淋菌以外的其他病原体，主要是沙眼衣原体和支原体等引起的一种性传播疾病。在临床上有尿道炎的表现，但在分泌物中查不到淋球菌，细菌培养也无淋球菌生长。女性患者常合并子宫颈炎等生殖道炎症。本病目前在欧美国家已超过淋病而跃居性传播疾病的首位，在我国日益增多，成为最常见的性传播疾病之一。
1.直接免疫荧光法
将特异的衣原体单克隆抗体用荧光素标记后检测标本中的衣原体抗原，如标本中有衣原体，则和抗体结合，在荧光镜下可见苹果绿色的荧光，一张涂片中衣原体数在10个以上时为阳性，特异性大于百分之九十七，敏感性为百分之七十。
2.酶联免疫法
用光谱测相仪检测泌尿生殖道中的衣原体抗原，发现颜色改变为阳性，24小时获得结果，敏感性为，特异性九十二。
3.沙眼衣原体培养
沙眼衣原体为专性细胞内寄生物，只有在活细胞中才能生长繁殖，常用于衣原体培养的细胞是McCoy细胞和Hela229细胞，特异性为百分之一百，敏感性为百分之九十，是目前诊断沙眼衣原体的金标准。沙眼衣原体是在柱状上皮细胞内寄生的微生物，合适的培养标本是应用拭子从距尿道内口2～4mm以内的尿道内取出，而不是取尿道口的分泌物或尿液作培养。
4.解脲支原体培养
利用解脲支原体能分解精氨酸产氨，发酵葡萄糖产酸的原理，分别使含精氨酸的肉汤培养基变为碱性，指示剂颜色由黄变红，葡萄糖肉汤培养基由粉红色变为黄色，该方法已广泛应用于临床。
5.聚合酶链反应(PCR)和连接酶联反应(LCR)
敏感性和特异性均优于其他方法，但要注意防止污染造成的假阳性。
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