非淋菌性尿道炎是完全可以治愈的，但是应得到正规的治疗。应针对病原体治疗，如条件不允许，用广谱抗生素治疗。Gopla在临床中发现，由于抗药性，广谱抗生素治疗效果越来越低。
应遵循及时量，规则用药的原则，根据不同病情选用相应的抗生素治疗。磺胺、利福平对衣原体有效，对支原体无效。庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。
孕妇及儿童不宜用四环素、强力霉素、喹诺酮类药物，可选用红霉素。如属淋病和非淋菌性尿道炎双重感染者，则先采用青霉素、淋必治等治疗。
目前对四环素、强力霉素、红霉素已有不少菌株产生耐药。新一代合成抗菌药喹诺酮类，不但对衣原体、支原体有效，对淋球菌也高度敏感。总之，治疗非淋菌性尿道炎以四环素、红霉素族药物为主，阿奇霉素、美满霉素是近年来常用的治疗本病的药物，它们的疗效较四环素高，有效率约百分之九十以上。全国各地在治疗本病时，均有不同的经验。内服药物治疗时，同时应局部外用"洁尔阴"或"皮肤康"洗剂等中药清洗，按时服药，以免出现并发症。
非淋重在调养。治疗时要避免焦急、过多疲劳，注意充足睡眠，忌烟酒和辛辣食物。
本病治疗时所需的疗程较长，最需要耐心。如果治疗效果不佳，就要查明原因。如果是因为耐药性造成的，则要更换另外一种药物治疗。如果性伴侣也有同样的病，而且没有进行治疗，则疗效也不好。
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