鉴别诊断：
一、与细菌性腹泻鉴别
细菌性腹泻一般由非O-I群弧菌和产生肠毒素的大肠杆菌（ETEC）引起。前者多数病人的腹泻伴剧烈腹痛和发热;1/4的病人粪便呈血性。大肠杆菌引起的腹泻一般病程较短。两者与霍乱的鉴别有赖于病原学检查。
二、霍乱应与各种细菌性食物中毒相鉴别，如金黄色葡萄球菌、变形杆菌、蜡样芽胞杆菌及副溶血如金黄色葡萄球菌、变形杆菌、蜡样芽胞杆菌及副溶血弧菌引起者，各种食物中毒起病急，同食者常集体发病，常先吐后泻，排便前有阵发性腹痛，粪便常为黄色水样，偶带脓血。
三、如果部分的粪便呈洗肉水样或痢疾样，则需与细菌性痢疾鉴别，后者多伴腹痛和里急后重，粪便量少，呈脓血样。
四、与急性砷中毒相鉴别。急性砷中毒以急性胃肠炎为主要表现，粪便为黄色或灰白水样，常带血，严重者尿量减少，甚至尿闭及循环衰竭等。检查粪便或呕吐物砷含量可明确诊断。
另外：古典生物型、埃尔托生物型和0139型霍乱弧菌的鉴别，见表
表1古典、埃尔托和0139型霍乱弧菌鉴别
鉴别试验古典型埃尔·托型0139型VI组霍乱噬菌体裂解试验（106颗粒单位）+-（+）-V组霍乱噬菌体裂解试验-+-多粘菌素Ｂ敏感试验+-（+）-鸡血清凝集试验V-p试验-（+）+（-）+V-p试验-+（-）+-绵羊血球溶血试验-+（-）+0/129弧菌抑制试验（二氨基二异丙基碟碇敏感试验）++-01群血清凝集试验++-0139血清凝集试验--+
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