西医治疗功能性腹痛综合征的常规方法：
抗抑郁药和抗焦虑药，特别是三环抗抑郁药TCA它可以缓解疼痛和抑郁FAPS患者疼痛。目前只有少数临床对照试验，试验结果不一致。与较新的抗抑郁药如5羟色胺再摄入抑制剂相比，TCA更有效地缓解疼痛。更新的抗抑郁药5羟色胺和去甲肾上腺素在缓解疼痛方面更有效。只有中重度FAPS抗抑郁药应用于患者中。症状高度躯体化的患者如果不能耐受常规抗抑郁药，可以先用少量抗抑郁药TCA，逐渐增加剂量，或使用其他药物，或联合心理行为治疗，这是极其必要的。
应告知患者抗抑郁药的治疗FAPS相关知识：
①改变内神经递质，减轻疼痛；②剂量远低于精神疾病；③用药几周后起效；④副作用会逐渐减少。
因长期应用苯二氮类药物可能产生依赖性或成瘾以及有可能降低痛阈、加重症状，不推荐长期服用。止痛药物;多数止痛剂如阿司匹林和非类固醇类抗炎药疗效甚微，可能与药物作用靶点主要在外周有关。应避免使用麻醉类止痛药，因为其不仅有使患者成瘾的可能，且可能会引起麻醉剂肠病是指长期使用麻醉剂可导致肠道动力低下，痛觉敏感性增加。若患者腹痛难以忍受，确实需要麻醉剂，医生应遵循麻醉剂的用药原则用药。
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