婴儿化脓性脑膜炎通过规范治疗多数可以治愈，但可能遗留神经系统后遗症。治疗效果与后遗症风险主要与病原体类型、治疗时机、并发症严重程度、患儿免疫状态以及康复干预措施等因素有关。
肺炎链球菌和脑膜炎球菌感染预后相对较好，大肠杆菌等革兰阴性菌感染易导致严重脑损伤。早期针对性使用头孢曲松、万古霉素等抗生素可显著提高治愈率。
发病24小时内接受治疗的患儿治愈率达90%以上，延误治疗会导致脑水肿、脑脓肿等并发症，增加运动障碍或智力发育迟缓风险。
合并硬膜下积液或脑室管膜炎的患儿，30%可能出现癫痫或听力障碍。需通过腰椎穿刺引流联合糖皮质激素控制炎症反应。
早产儿或低体重儿因血脑屏障发育不全，更易出现脑室周围白质软化，这类患儿后期需持续进行神经发育评估。
急性期后开展高压氧治疗和运动功能训练，可改善50%患儿的肢体功能障碍。语言康复训练需持续至学龄前期。
患儿出院后应定期进行脑电图和智力测试监测，保证每日充足DHA摄入促进神经修复，避免剧烈哭闹诱发颅内压升高。母乳喂养可提供免疫球蛋白增强抵抗力，6月龄后逐步添加富含锌的辅食辅助神经系统发育。保持居住环境通风减少病原体接触，按时接种b型流感嗜血杆菌疫苗等计划免疫制剂。
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