芥菜疙瘩可以生吃，但需注意适量食用并彻底清洗。芥菜疙瘩含有丰富的维生素C和膳食纤维，生吃有助于保留更多营养成分。
芥菜疙瘩生吃时口感清脆，带有轻微的辛辣味，适合凉拌或作为配菜。其含有的硫代葡萄糖苷在咀嚼过程中会转化为异硫氰酸酯，具有抗氧化作用。新鲜芥菜疙瘩中的维生素C含量较高，加热容易破坏这类水溶性维生素。生吃前建议用流动清水反复冲洗表面泥沙，必要时可去皮处理。对胃肠功能较弱的人群，少量尝试后无不适再增加食用量。
芥菜疙瘩表皮可能残留农药或寄生虫卵，直接生食存在一定风险。未彻底清洗可能引发腹痛腹泻等消化道症状。部分品种芥菜疙瘩含有较多草酸，长期大量生吃可能影响钙质吸收。消化性溃疡患者生食辛辣成分可能刺激胃黏膜。若购买来源不明的芥菜疙瘩，建议焯水后再食用更安全。
将芥菜疙瘩切丝后冰镇能减轻辛辣感，搭配胡萝卜丝、木耳等凉拌更佳。储存时需保持干燥通风，避免发芽产生有毒物质。出现霉变或发芽的芥菜疙瘩禁止食用。儿童及老年人建议煮熟后食用，既能软化纤维又降低消化负担。如生食后出现舌麻、恶心等症状应立即停止食用并就医。
