HPV11感染可以自愈，但自愈概率与个体免疫力直接相关。多数情况下机体会在几个月到两年内通过免疫系统清除病毒，少数感染者可能出现持续感染或引发尖锐湿疣等病变。
低危型HPV11感染在免疫功能正常的人群中，约有一半以上会在一年内被免疫系统自然清除。病毒清除过程中通常无症状，部分人可能经历短暂的外阴瘙痒或微小疣体。若未发生皮肤黏膜的显性病变，无须特殊治疗，定期复查即可。日常生活中需避免搔抓、保持会阴干燥、减少性伴侣数量以降低病毒载量。
当免疫系统无法有效清除HPV11时，病毒可能长期潜伏于基底细胞，导致尖锐湿疣反复发作。此类情况常见于艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者或妊娠期女性。病变初期表现为会阴部粉色菜花样赘生物，后期可能融合成片。此时需采用冷冻治疗去除疣体，并联合干扰素凝胶抑制病毒复制。持续感染超过两年者应进行阴道镜和醋酸白试验筛查癌变。
建议所有HPV11感染者每半年复查病毒载量检测，出现疣体增生时及时至皮肤性病科就诊。日常可通过接种四价HPV疫苗预防其他高危型感染，适当补充硒元素和维生素E增强细胞抗氧化能力，避免吸烟饮酒等削弱免疫力的行为。
