HPV疫苗主要包括二价、四价和九价三种型号，适用于不同年龄段人群并可预防不同亚型的HPV感染。
二价HPV疫苗主要预防16型和18型HPV感染，这两种亚型导致约70%的宫颈癌病例。该疫苗适用于9-45岁女性，采用0、1、6月的接种程序。二价疫苗对宫颈癌前病变也有较高防护效果，接种后可刺激机体产生高滴度抗体。疫苗不含病毒DNA，安全性较高，常见不良反应为注射部位疼痛或低热。
四价HPV疫苗在二价基础上增加了对6型和11型HPV的防护，这两种亚型易引发生殖器疣。适用年龄为20-45岁女性及男性，接种时间点为0、2、6个月。四价疫苗可预防70%宫颈癌和90%生殖器疣，男性接种还能降低阴茎癌和肛门癌风险。接种前无需进行HPV筛查，但已感染者疫苗效果可能有限。
九价HPV疫苗覆盖了7种高危型（16/18/31/33/45/52/58）和2种低危型（6/11）HPV，防护范围最广，可预防约90%HPV相关癌症。国内批准用于16-26岁女性，需在6个月内完成3剂接种。九价疫苗对已接种过二价或四价者仍有补充保护作用，但需间隔12个月以上。接种后仍需定期进行宫颈癌筛查。
三种疫苗主要差异在于预防的HPV亚型数量和适用年龄范围。二价专注高危致癌型，四价增加生殖器疣防护，九价覆盖最全面。价格上九价最高、二价最低。部分国家已批准九价疫苗用于更大年龄范围人群，未来国内可能相应调整。不同型号疫苗不建议混种，需完成同一疫苗的全部剂次。
世界卫生组织推荐9-14岁女孩作为首要接种人群，此时免疫应答更强且只需接种两剂。已有性行为者仍可接种，但防护效果可能降低。妊娠期应推迟接种，哺乳期女性可正常接种。免疫功能低下者需按3剂程序接种，可能出现抗体滴度较低情况。接种后需观察30分钟以防过敏反应。
接种HPV疫苗后仍需保持安全性行为并定期进行宫颈癌筛查，特别是25岁以上女性建议每3-5年做HPV检测。日常生活中注意增强免疫力，避免吸烟等危险因素。若接种后出现持续高热或严重过敏反应应及时就医，普通局部反应通常2-3天自行缓解。疫苗防护效力可持续至少10年，后续是否需要加强接种需进一步研究证实。
