种植头发可能会出现局部感染、毛囊损伤、瘢痕形成、术后肿胀或供区脱发等后遗症，但通常在规范操作下发生概率较低。
种植头发属于有创操作，若术中消毒不彻底或术后护理不当，容易引发头皮局部的感染，表现为发红、疼痛或分泌物增多。这类情况需及时使用抗菌药物如头孢克肟分散片、阿莫西林胶囊控制感染。毛囊损伤多因操作技术不成熟导致，可能影响移植毛发的成活率，表现为新生毛发稀疏或生长方向紊乱。毛囊炎也是常见并发症，可使用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏进行局部抗炎处理。
瘢痕形成多见于传统FUT技术提取毛囊后，供区遗留线性瘢痕，而FUE技术因采用点状提取瘢痕较不明显。术后1-3天可能出现前额或眼周的暂时性水肿，一般冰敷即可缓解。供区脱发常因提取密度过高导致，多为暂时性，可通过米诺地尔搽剂促进毛发再生。极少数情况下可能出现神经损伤导致头皮麻木，通常3-6个月可自行恢复。
建议选择正规医疗机构进行术前评估，术后保持头皮清洁干燥，避免抓挠移植区，使用医用洗发产品。恢复期减少剧烈运动，禁烟酒及辛辣食物，遵医嘱使用抗生素或生发药物。若出现持续红肿、异常脱发或皮肤坏死等症状需及时复诊。日常可通过补充蛋白质、维生素及矿物质帮助毛囊修复。
