肾结石最好的治疗方法是根据结石的大小、位置、成分以及是否引起症状来个体化制定的，不存在一种适用于所有情况的绝对最好方法。治疗手段主要有观察等待、药物治疗、体外冲击波碎石、输尿管镜碎石取石术和经皮肾镜碎石取石术。肾结石通常由代谢异常、尿路梗阻、感染等因素引起，建议患者及时就医，由医生评估后选择最合适的治疗方案。
对于直径较小、表面光滑、未引起梗阻或感染的肾结石，通常可以选择观察等待。这类小结石多数情况下可以通过多喝水、适量运动等方式自行排出。患者需要定期复查，监测结石的位置和大小变化。日常应保证每日饮水量充足，以增加尿量，帮助冲刷尿路，促进结石排出，同时减少新结石形成的机会。
药物治疗适用于直径小于0.6厘米、表面光滑、无尿路梗阻的结石，也用于术后辅助排石。常用药物包括α受体阻滞剂如坦索罗辛缓释胶囊，可以放松输尿管平滑肌，帮助结石排出；枸橼酸氢钾钠颗粒可用于溶解尿酸结石和胱氨酸结石；排石颗粒等中成药具有清热利水、通淋排石的作用。药物治疗期间需要大量饮水，并密切观察是否有腰痛、血尿等症状加重的情况，须遵医嘱定期复查。
体外冲击波碎石适用于直径小于2厘米的肾上盏、中盏结石以及肾盂结石。该方法通过体外聚焦的冲击波将结石击碎成细小颗粒，随后随尿液排出体外。治疗过程无须麻醉或仅需轻度镇静，创伤小，恢复快。但结石硬度较高、肥胖患者或结石位于肾下盏时，碎石效果可能受影响。碎石后可能出现血尿、肾绞痛等表现，通常可自行缓解，必要时需就医处理。
输尿管镜碎石取石术适用于肾下盏结石、体外冲击波碎石失败的结石以及硬度较高的结石。手术通过尿道、膀胱将输尿管镜逆行置入输尿管或肾盂内，在直视下使用激光等能量将结石击碎并取出。该方法的结石清除率高，一次手术即可处理多数结石。术后可能需要留置输尿管支架管，患者会出现轻微血尿或腰部不适，一般可耐受，需按医嘱定期复查并适时拔除支架管。
经皮肾镜碎石取石术适用于直径大于2厘米的肾结石、鹿角形结石以及肾下盏结石。手术需要在腰部建立一条从皮肤到肾脏的微小通道，通过该通道置入肾镜，利用超声或激光等能量击碎并取出结石。该方法的结石清除率极高，是处理复杂肾结石的重要手段。术后需卧床休息，密切观察引流液颜色和量，注意有无出血、感染等并发症，须在医生指导下逐步恢复活动。
肾结石患者日常应养成多饮水的习惯，每日饮水量建议达到2000毫升以上，避免饮用浓茶、咖啡等饮品。饮食上应限制钠盐和动物蛋白的摄入，减少高草酸食物如菠菜、甜菜等的食用，根据结石成分调整饮食结构。适度进行跳绳、慢跑等运动有助于小结石排出，但剧烈运动可能诱发肾绞痛，应量力而行。定期复查泌尿系统超声，监测结石变化，如有腰痛、发热、无尿等异常情况，须立即就医处理。
