脚骨折三个月后仍存在疼痛可能与骨折愈合延迟、软组织损伤未恢复、创伤性关节炎、神经损伤等因素有关，可通过康复训练、药物治疗、物理治疗等方式缓解。

1. 骨折愈合延迟

骨折端血供不足或固定不当可能导致愈合延迟，表现为局部压痛和活动受限。需复查X线确认愈合情况，可遵医嘱使用接骨七厘片、伤科接骨片等药物促进愈合。

2. 软组织损伤

韧带肌腱等软组织修复周期长于骨骼，可能引起牵拉痛。建议进行超声波治疗，配合外用双氯芬酸二乙胺乳胶剂缓解炎症。

3. 创伤性关节炎

关节面受损可能导致软骨磨损，表现为负重时疼痛加剧。可口服塞来昔布胶囊抗炎，关节腔注射玻璃酸钠改善润滑功能。

4. 神经损伤

骨折时可能伴随神经压迫或损伤，导致持续性刺痛或麻木感。需肌电图检查确认，可服用甲钴胺片营养神经。

恢复期应避免剧烈运动，选择游泳等低冲击锻炼，穿戴足弓支撑鞋垫减轻负重压力，定期复查评估康复进度。