在临床中的观察发现，绝大多数患有肉芽肿性前列腺炎的患者，不做处理就可以自愈，但是前列腺硬结的消失却需要几个月，甚至是几年的时间。
一般情况下，对肉芽肿性前列腺炎的治疗包括热水坐浴、防治便秘等。对于有明显尿路感染者，可采取抗炎治疗，抗炎治疗要保证足疗城、足量用药。对于特异性感染者，需要针对病原微生物进行治疗，因为用药均为处方药，很多药物都存在不良反应，需谨遵医嘱。只有少数较为严重的患者需要手术治疗。
一般情况下，肉芽肿性前列腺炎的预后都很好，只有过敏性肉芽肿性前列腺炎的预后不良，而且绝大多数的患者，数月之内症状就可缓解，而且前列腺硬结也可小时，肉芽肿性前列腺炎也很少有复发的情况，但需要注意的是，有些患者在肉芽肿性前列腺炎症状缓解数年后，可出现前列腺癌，因此患有肉芽肿前列腺炎的患者，也不能忽视定期进行检查，以便尽早发现前列腺的问题。
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