尽管都叫单纯疱疹病毒，但Ⅰ型与II型之间却完全不一样。从发病部位来看，感染Ⅰ型疱疹病毒的人，大约70%以上会引起口唇及颜面、腰部以上感染，20%~30%左右引起生殖系统感染，而且Ⅰ型疱疹病毒引起的生殖器症状较轻，治疗相对要容易些;感染II型单纯疱疹病毒的人，80%以上可引起生殖系统感染，偶尔会见到口腔及其周围感染，而且II型单纯疱疹引起的生殖器疱疹复发率远比I型单纯疱疹病毒引起的高，而且与生殖器恶性肿瘤相关。
其次从并发情况看，感染I型单纯疱疹病毒后，仍可能会感染到II型单纯疱疹病毒;但相对地，先感染到II型单纯疱疹病毒的人，再感染I型单纯疱疹病毒的几率则非常少见。
从发病情况来看，今年来感染I型单纯疱疹病毒引起的生殖器疱疹发病率有所上升，研究认为，这与I型单纯疱疹病毒的血清阳性率降低及通过口腔与生殖器接触有关，而感染II型单纯疱疹病毒很少累及口腔，则可能与预先感染了I型单纯疱疹病毒而产生局部免疫力有关。
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