超声检查(ultrasonography)，不管是经腹壁途径还是经直肠途径，已经成为评估精囊最准确的方法之一。短焦距、高分辨探头的出现能够在门诊快速、准确、廉价、无创伤地进行精囊检查。经直肠超声检查精囊时不需要任何特殊的准备，膀胱半充盈时更容易鉴别精囊及邻近结构。
经直肠超声的异常发现包括精囊发育不全、精囊萎缩或囊肿形成
精囊发育不全和萎缩常与不育有关，在不育男性中约有2.5%。
囊肿尽管少见，但可能是先天性的，并常伴有同侧输尿管异位或肾脏发育不良，或在经尿道前列腺切除后并发梗阻。有研究发现，在进行前列腺癌筛查时约5%的男性出现精囊不对称囊性扩张。大多数精囊囊肿患者没有症状，但是这些患者可以表现尿路症状，包括尿痛、痛性射精、血精或复发性附睾炎超声显示这些囊性病变为精囊实质内无回声肿块或者是较大的无回声囊性病变，其可能来自盆腔并使膀胱及其他盆腔结构移位。
超声波也可用于鉴别精囊的炎性病变
精囊内肿瘤的超声表现取决于肿瘤是原发还是继发。原发性肿瘤通常为单侧，而继发性肿瘤更可能涉及双侧精囊，并且可能难以区分其来源，如来源于直肠、膀胱或者是前列腺的肿瘤。
实质性肿瘤的影像为等回声，与前列腺一样，但与正常精囊相比，则相对高回声。除了原发性肿瘤通常为单侧，并不与前列腺邻近外，没有提示良性或恶性、原发性或继发性肿瘤的影像学特征，而侵犯精囊的前列腺癌则可能位于两侧精囊基底部，并与前列腺肿瘤接近。
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