由于具体发病机制尚不清楚，因此多囊卵巢综合征(PCOS)现在的治疗都达不到治愈的目的，只能以解决患者的需求如不孕症为目的，并尽量减少远期并发症。
对于肥胖的PCOS患者来说，控制体重是最重要的治疗手段之一。控制体重的关键是减少饮食和适当增加体育锻炼。一般来说不主张使用药物控制体重，除非患者极度肥胖。
当患者有高雄激素血症，但无生育要求时，采用抗高雄激素血症疗法。有生育要求的患者，也应在雄激素水平恢复正常或下降后，再治疗不孕症。常用药物有：螺内酯、复方口服避孕药、地塞米松等
如果多毛和痤疮不严重，且又无生育要求，可采用补充激素的方式让患者定期来月经。这样可以避免将来发生子宫内膜增生或子宫内膜痛。
PCOS也可以采用手术治疗，但由于手术治疗有限，因此近年来不主张手术治疗。手术治疗仅限于迫切要求生育且要求手术治疗的患者。临床上常用的手术治疗有：腹腔镜下行皮质内卵泡穿刺及多点活检、经腹卵巢楔形切除术。
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