黄体功能不足的发病机制不仅因为黄体期异常所致，有时也有卵泡期异常的因素所引起。在卵泡生成过程中，某些失调可导致以后形成的黄体功能异常。曾发现在早期卵泡期FSH(垂体分泌卵泡刺激素)水平较低会导致黄体功能不足。
卵泡期LH(促黄体生成激素)分泌的脉冲频率改变可导致黄体功能不足，LH频率增加或减少均会影响黄体功能。
有作者指出LH频率增加常发生于年龄较大的不孕症者，而LH频率减少常见于年轻者、运动员和营养失常者，LH脉冲异常可能因下丘脑或下丘脑以上的中枢功能失常。
排卵期FSH和LH峰状分泌失常也是导致黄体功能不足的因素。有学者对7个周期黄体期短的FSH和LH的研究发现排卵期时FSH和LH的峰状分泌在生理范围，但FSH/LH的比值较正常低，提示此比值低与黄体功能不足的关系。
卵巢局部因素亦影响卵泡正常发育，曾发现早、中卵泡期抑制素水平低则常有黄体功能不足，此可能是颗粒细胞对FSH反应不良，而导致抑制素分泌减少。
尚发现排卵前优势卵泡较小者亦常伴有黄体功能不足，有报道卵泡期长(>20天)时，虽有排卵，但黄体功能不足的概率较高。在无β脂蛋血症时，因LDL-胆固醇缺乏，影响卵巢中类固醇激素的合成，也可导致黄体功能不足。
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