真菌性角膜炎比较少见，但是由于真菌的易繁殖性，真菌性角膜炎有着容易复发的特点，治疗上也是比较困难的。因此，了解真菌性角膜炎的病因，从而加以预防就显得十分重要的。
一般情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当眼外伤、手术或长期局部使用抗生素、皮质类固醇以及机体抵抗力下降或角膜炎症后及干眼症等，可使非致病的真菌变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染，就是我们说的真菌性角膜炎了。
另外，当角膜被真菌污染的农作物如谷物、枯草、树枝等擦伤及角膜异物挑除后引起真菌感染。常见的致病菌以曲霉菌多见，其次是镰刀菌、白色念珠菌、头芽孢菌及链丝菌等。真菌性角膜炎容易误诊，常因治疗不当而造成失明。
真菌性角膜炎的治疗必须及时和彻底，对于一些眼科手术引发的真菌性角膜炎来说，首先要注意的是先治疗好相关眼病，然后对真菌性角膜炎进行有针对性的治疗，千万不要将真菌性角膜炎误诊为其他类型疾病，这是很危险的。
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