慢性肾功能衰竭是各种原发或继发性肾脏疾病持续发展所导致的，各种肾脏病的晚期都可出现慢性肾功能衰竭。由于地区和时代的不同，导致慢性肾功能衰竭的疾病的排序(按引发慢性肾功能衰竭的几率大小排序)也有所不同。
20世纪70年代以前，一般认为其次序为：慢性肾小球肾炎、肾小管-间质性肾炎(如慢性肾盂肾炎、药物性肾病等)、高血压动脉硬化、系统性疾病(常见的有狼疮性肾炎)、代谢性疾病(如糖尿病、痛风等)、慢性尿路梗阻、先天性肾脏病(如多囊肾、遗传性肾病等)。
近年来，随着疾病谱的变化，在欧美一些国家，糖尿病肾病所致的慢性肾功能衰竭占首位。一些发达国家将引发慢性肾功能衰竭的疾病的排序改变为：糖尿病、高血压、肾小球肾炎、囊肿性肾病、尿路疾病及其他。目前，糖尿病肾病的发病率有增高趋势，美国的发病率为6%~10%，我国的发病率尚无统计，但临床发病人数亦有上升。
据国内不完全统计，导致慢性肾功能衰竭的疾病，占第一位的仍然是慢性肾小球肾炎，糖尿病肾病已升到第二位。
此外，在不同的人群中，引起慢性肾功能衰竭的主要原因也不尽相同。在老年人中，由糖尿病、高血压所引起的慢性肾功能衰竭占多数;中年女性的慢性肾功能衰竭多由慢性肾盂肾炎引起;在年轻的女性中，狼疮性肾病多为引起慢性肾功能衰竭的原因。
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