射频治疗是目前治疗三叉神经痛的主要治疗手段之一。射频治疗虽然损伤小，并发症相对较少，但仍有一定几率发生，值得注意和预防。射频治疗三叉神经痛的术后并发症发生率为17%。
主要并发症有以下几种：
面部感觉障碍这种并发症发生率为94%，大多数患者表现为触觉减退或麻木。这个症状也证明，疼痛消失也仅能在三叉神经分布支配区的感觉明显减退或消失时才能达到。
眼部损害以角膜反射减退为主，其发生率为3%～27％，而明显的神经麻痹性症状为1%～5%。角膜反射一旦消失，应立即带眼罩或缝合眼睑。复视的发生率为0.3％～3％。
三叉神经运动支损害患者主要表现为咬肌或翼肌无力，咀嚼障碍。这种情况一般在6～9周后恢复。
带状疱疹一般三叉神经痛患者经面部涂用龙胆紫数日后可痊愈。
颈内动脉损伤这种并发症比较少见，但十分危重，一旦发生，应立即停止手术，密切观察，出血严重者应手术治疗。
脑脊液漏这种并发症很少见。患者多在腮部形成皮下积液，经穿刺抽吸、加压包扎一般可治愈。
其他包括颅神经麻痹、动静脉瘘、脑膜炎、唾液分泌异常等并发症。
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