灰指甲的致病菌主要分为三大类，这些致病菌对疾病的影响比例随着地理条件、气候、人类的生活习惯不同，有很大的差别。在我国，皮肤癣菌是最常见的致病菌，可谓是灰指甲的“罪魁祸首”。由于真菌感染很难根除，患者一旦染上灰指甲，一定要去专业的皮肤医院接受诊断和治疗。
1.皮肤癣菌的种类
皮肤癣菌可分为毛癣菌属、小孢子菌属和絮状表皮癣菌属，皮肤癣菌属中最常治病的是红色毛癣菌、石膏样毛癣菌和絮状表皮癣菌，其中以红色毛癣菌引起的灰指甲最为常见。其它还有许多较少引起指（趾）甲感染的真菌，诸如：许兰毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌、同心性毛癣菌、石膏样小孢子菌、羊毛样小孢子菌、猪小孢子菌等。
2.皮肤癣菌的感染途径
皮肤癣菌要侵入指（趾）甲往往会采取“迂回包抄”的攻击形式，通常灰指甲患者都是先患手足癣，然后再慢慢向灰指甲靠拢。
这实际就是皮肤癣菌的一种“作战”方式，它们首先会侵入甲周围的皮肤，然后通过指（趾）甲的生长演变逐渐侵入甲板内，并进一步生长和繁殖直到破坏整个甲板。皮肤癣菌入侵指（趾）甲的途径一般有两个：（1）由于甲沟处的角化物较为松软，真菌通常会从甲沟处侵入，从甲板深层向甲根基部生长；（2）真菌先附着于甲板上，再装过甲上皮，其真菌丝朝向甲根基部生长。
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