所有抗癫痫的药物都可能产生不良反应，最常见的不良反应是镇静、头晕、平衡困难、智能损害等，有些药物对肝脏和血液系统有影响，还有些药物可以引起严重的过敏反应。
大部分抗癫痫药物有致畸作用。
根据不良反应的类型，有不同的防治方法。
与药物剂量有关的不良反应
比如苯巴比妥、氯硝西泮引起镇静，苯妥英钠和卡马西平引起头晕和平衡困难。为了减轻这类不良反应，要注意从小剂量缓慢加量，逐渐达到起效和维持剂量。使用过程中要监测血药浓度，绝对不能超过说明书推荐的最大治疗剂量。采取这些措施后，上述不良反应大多可以避免发生或逐渐减少、最终耐受。
由药物长期应用引起的不良反应
比如长期服用丙戊酸钠，可以引起多囊卵巢综合征和肥胖。长期服用苯妥英钠，可以导致牙龈增生、多毛、骨质疏松等。对这些不良反应，一方面某些特定人群要避免使用某种药物，比如青少年女性、育龄妇女和肥胖症患者要尽量不用丙戊酸钠。另一方面，服用这些药物后，尽量维持在可以控制发作的最小剂量，并且在无发作持续足够多年后尽量停药。
与患者自身的特异体质有关的不良反应
比如对卡马西平、奥卡西平、拉莫三嗪过敏的患者可能出现剥脱性皮炎等严重的皮肤损害，对丙戊酸钠不耐受的患者可能出现严重的肝损害等。这类不良反应发生率极低，但是一旦发生对患者的影响很大甚至致命。但是由于这些不良反应是和患者自身的体质有关，医生也无法预测。好在它们大多在用药早期就已经出现，所以在刚开始用药时严密监测这类不良反应出现的迹象，比如观察有没有皮疹，每个月监测血常规、肝功能等指标，可以帮助今早发现这些不良反应，从而及时停药和几级对症处理。
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