目前结肠癌的治疗首选方式是进行根治性的手术治疗，术后再配合放化疗。根治性结肠癌手术的切除范围包括癌肿所在肠袢及其全结肠系膜即切除了癌肿本身，又可以彻底清除了可能转移的区域淋巴结。
因此，只有进行了彻底的手术才有可能治愈结肠癌。对于有肝、肺转移的患者，也不是完全丧失了治疗的机会。
新的观点认为，如果转移病灶能够同时切除，就与结肠癌的病灶一起切除，转移灶不能切除的，则先进行辅助化疗，稳定后再行切除。在一部分肝转移患者中，肝转移局限一叶或一段，手术切除不但简单，而且5年生存率可达50%。手术适应证的选择与外科医生的经验是决定手术的关键因素。
结肠癌随着生长发育逐渐向远处转移，有3/4的患者在诊断时就已经有转移，能够接受根治性手术切除者，也有半数患者最终发生远处转移。因此，根治术后的化疗即辅助化疗是结肠癌综合治疗的一个重要组成部分。
辅助化疗的机理在于用化疗控制减灭根治术后体内的残留病灶。
对于不能切除的肿瘤或有远处转移病灶者，局部放疗也是晚期结肠癌治疗常用的方法之一，可以使肿瘤缩小，改善患者的症状，常和其它治疗方案联合应用。目前研究较多、效果较好的是外科和放射的综合治疗，包括术前放射、术中放射、术后放射、“三明治”放疗等。
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