慢性化脓性中耳炎的诊断中应与以下疾病进行鉴别：
中耳癌
患者大多在40岁以上，常有长时间耳流脓病史，且流出为血性黏脓，往往伴有耳鸣、听力减退和耳痛
当面神经受累时，患者可有同侧舌前1/3味觉丧失和同侧外周性面瘫症状，还有人出现头痛或眩晕晚期患者可出现颈淋巴结肿大肿瘤向周围侵犯可影响腮腺区、外展神经、滑车神经、迷走神经、颞颌关节、舌下神经或副神经，并产生相应的症状。耳镜检查可发现外耳道或鼓室内有息肉和肉芽样新生物，碰触后易出血经病理活检可确诊中耳癌。
结核性中耳炎
患者起病较隐匿，多继发于肺部或身体其他部位的结核灶。当鼓膜未受浸润时，可出现鼓膜增厚；鼓膜破坏时，可出现鼓膜穿孔，且逐渐扩大或呈演变为多发性穿孔。鼓室内分泌物呈浆液状，可有灰白色肉芽。
患者听力减退比化脓性中耳炎更明显，发展更快。通过中耳分泌物涂片或培养可发现结核杆菌或肉芽组织，检查有典型的结核性病理改变时可以确诊。
梅毒性中耳炎
早期症状与分泌性中耳炎相似，患者继发感染时可感到轻度耳痛或出现鼓膜穿孔，还可有持续性耳漏和臭味，伴有耳聋、耳鸣症状。化验血清反应为阳性，当分泌物涂片内发现梅毒螺旋体或通过活组织检查可以确诊。
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