许多灰指甲患者在治愈一段时间后又出现了复发，大部分复发的指甲或趾甲是原受感染的指甲，而少部分患者连没有感染的指甲或趾甲也出现感染。
这说明灰指甲还没有完全治愈，或出现了促进再感染的因素。
灰指甲治疗需要一个过程，治愈后还需要一定的巩固期。如果没有及时巩固治疗，可能造成真菌被抑制而没有完全被杀死，因此很难保证不会出现死灰复燃。
灰指甲常不是一个单独存在的疾病，灰指甲的病人往往同时伴有手足癣手足癣和灰指甲的病原菌是相同的，包括皮肤癣菌（毛癣菌属、表皮癣菌属、小孢子菌属）、念珠菌（假丝酵母菌）及非皮肤癣菌类真菌。只针对灰指甲治疗，而没有对整个手、足部进行抗真菌治疗，会导致手、足携带真菌反复感染指甲和趾甲。
有些患者经过标准的疗程，足部灰指甲完全治愈了，也经过了巩固治疗，保证杀菌的完全
性，并且也治疗了脚癣，最后还是复发了。人们在对足部杀菌时，往往忽略了清洁自己的鞋袜，导致真菌寄生在鞋袜中，再次感染趾甲。
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