系统性红斑狼疮根据病情的发展可分为轻型、重型、危重难治型等，其中重型狼疮SLE病情严重、病情活动程度较高，实验室检查明显异常，应用药物治疗时应按病情需要选择。
1.糖皮质激素：病情不严重者可选用较大剂量泼尼松，规律用药，如应用一段时间后并未见效，宜及早加细胞毒类药物，应用同时还要注意其副作用。
2.甲基泼尼松龙（MP）：系统性红斑狼疮患者冲击病情严重时使用。
3.细胞免疫抑制药：细胞免疫抑制药包括环磷酰胺（CTX）、硫唑嘌呤等，以CTX使用最广泛，适用于重症的SLE，尤其是狼疮肾炎常与泼尼松合用，加强疗效，使强的松易于减量，保护肾功能。当前治疗狼疮肾炎常用CTX冲击，比口服疗效好，用药需注意毒性如损伤肝、抑制骨髓及性腺功能。对中等度严重病例可以激素联合硫唑嘌呤治疗。
如常用泼尼松与CTX治疗无效，或有禁忌证者可考虑泼尼松联合环孢素，短期用药，用药应定期查血中浓度，注意肝、肾毒性，高血压及高血钾等副作用。
危重难治狼疮并发严重感染可选择IgG静脉滴注。
除了以上的药物，重型系统性红斑狼疮还可选择中医中药作辅助治疗，整体调节身体内环境。
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