初次感染生殖器疱疹的患者中，80%～90%为隐性感染，即没有临床症状，显性感染只是少数，无论初次经显性感染或隐性感染恢复后多数转为潜伏感染。
潜伏期为1周至2个月。
1．原发性生殖器疱疹潜伏期2～7天，原发损害是1个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体或尿道口，女性多在阴唇、肛周或阴道发疹，约90%同时侵犯子宫颈，也可累及直肠黏膜。常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴结肿大和压痛症状持续1～2周，一般3～4周皮损结痂、愈合。
2．复发性生殖器疱疹多在原发感染后1～4个月内复发。复发性生殖器疱疹的临床表现与原发性的相似，但症状轻，皮疹范围小，病程也短，一般在数日内可自愈。
复发前1～2天，局部常有刺痒或烧灼感等前驱症状。临床上所见到的复发性生殖器疱疹患者绝大部分为男性，女性患者由于症状不明显常不来就诊。复发与发热、月经、日晒、寒冷、某些病毒感染有关。
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