临床上，易与小儿癫痫混淆的有以下4大疾病：
1、屏气发作
屏气发作多发生于6～18个月婴儿
典型表现是当任何不愉快引起啼哭时，立即出现呼吸停止，青紫和全身肌张力低下。可有短暂意识障碍，一般不超过1分钟，再现自主呼吸后即恢复正常。与癫痫的区别在于本病明显以啼哭为诱因，意识丧失前先有呼吸暂停及青紫，脑电图（EEG）无异，随年龄增大发作逐渐减少，5岁后不再发作。
2、婴儿擦腿综合症
婴儿擦腿综合症发作时婴儿双腿用劲内收，或相互摩擦，神情贯注，目不转睛，有时两上肢同时用劲，伴出汗。但本病发作中神志始终清楚，面红而无苍白青紫，可随时被人为中断，发作期和发作间期EEG正常，可与癫痫区别。
3、抽动症
该病需与癫痫肌阵挛发作鉴别。抽动症常为单侧肌群抽动，动作幅度较小，并可能伴语声性抽动。患者能有意识地暂时控制其发作，睡眠中消失，情绪紧张又导致发作加重。该病的EEG不会有癫痫样放电，也不会出现全部性慢波背景异常。
该病多在婴幼儿期发生，且均在清醒时发作，时间短暂，表现形式多样，如凝视、瞪眼、咬牙、咧嘴、伸颈或缩颈、头左右摇动、两臂屈曲、握拳、用力。
发作可被外界刺激所中断，发作后立即恢复原来的状态。随年龄增长逐渐消失，多在一岁左右停止发生。该病不需治疗，发作间期及发作期脑电图正常，可与癫痫鉴别。
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