生殖器疱疹男女均可患病，患病后在症状上有微小差异，但在其危害程度上，对女性更大。
男性生殖器疱疹症状
病程一般为20天左右，疱疹一般发生在龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和臂部等处。
发病的时候通常会有烧灼感，病症的进阶为：红斑→3-10个成群红色丘疹→小水疱→3/5天后为脓包→-破溃成溃疡和糜烂→-结痂愈合。
患者一般会有疼痛感，如果生殖器疱疹发生在直肠内部，则会出现便秘、疼痛，并带有分泌物。
此外，患者还有可能有神经症状，包括感觉异常、神经痛、排尿困难等等，也会影响到性能力。
女性生殖器疱疹症状
发病部位为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门、直肠及尿道。水疱出现前接种部位常先有灼热、瘙痒或感觉异常，女性白带增多，随之局部出现淡红色斑或丘疹，在此基础上迅速出现芝麻至绿豆大群集性紧张水疱，疱液开始较清，逐渐可变成混浊甚至程脓性。
疱壁较薄，易破溃形成溃疡面较大，自觉疼痛，触动后更明显。
女性生殖器疱疹通常会伴有子宫炎和宫颈炎，另外会有寒颤、发热、腹痛、恶心、腹股沟淋巴肿大、头痛、颈项强直和骶部神经系统功能不全。
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