患有生殖器疱疹的孕妇可能导致胎儿出生后发生新生儿生殖器疱疹。新生儿生殖器疱疹能引起患儿皮肤、眼或口腔感染，损害中枢神经系统和其它内脏器官，婴儿的免疫系统是相当脆弱的，无法处理这些病毒，最后导致智力缺陷，甚至死亡。
不同情况的孕妇发生生殖器疱疹的处理措施如下：
妊娠早期
妊娠早期复发生殖器疱疹者应避免进行间歇治疗或抑制治疗。若因患者病情重或有并发症必须给予治疗时，应避免使用阿昔洛韦以外的药物，并控制阿昔洛韦用量在最小有效剂量之内。
妊娠后期
在分娩前4周内原发生殖器疱疹的孕妇，发生新生儿疱疹感染的可能性较大，可考虑行剖宫产，作阿昔洛韦预防性治疗。
在妊娠患者中，阿昔洛韦等药物的使用尚有争议。孕妇使用抗病毒治疗要权衡利弊，并充分得到孕妇的知情同意，可选择的药物以阿昔洛韦为主，目前尚无阿昔洛韦致新生儿畸形的报道。正在接受长期抑制治疗的女性患者有意向或已经怀孕，建议停止抗病毒治疗。
原发或初发者
原发或初发生殖器疱疹的孕妇，建议用阿昔洛韦治疗，口服400mg，每日3次；有严重并发症而可能危及生命者，应静脉滴注阿昔洛韦。
频繁复发或新近感染者
频繁复发或新近感染的生殖器疱疹妊娠患者，在近足月时，可用阿昔洛韦治疗以减少活动性损害的出现，从而降低剖宫产率。既往有复发性生殖器疱疹病史，但近足月时无复发迹象的孕妇，可不进行阿昔洛韦治疗。
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