脑损伤的部位与其出现相应的功能障碍是密切相关的。脑瘫患儿的运动障碍是由于脑的某个部位存在病变，这种病变主要发生于大脑、小脑及基底神经核。发生于脊髓的病变不属于脑瘫的范畴。根据脑损害的部位不同，大体上可分为锥体系、锥体外系和小脑系三大类。
锥体系
锥体系是大脑顶叶中央沟前存在的运动区皮质锥体细胞发出神经纤维，通过内囊，再经脑干及延髓，到达脊髓前角细胞所形成的。脊髓前角细胞的神经纤维与肌肉的运动单位相连接，形成神经肌肉运动单位，支配肌肉运动。这种连接在出生后随即形成，并随着感觉运动体验的增多而发育加快，大约至10岁左右时基本完善。皮质运动区发出的锥体束某部位受到损害，一般则发生痉挛性瘫。
锥体外系
除锥体系以外的中枢性神经通路统称为锥体外系。锥体外系的功能主要参与自动运动及节律性运动等无意识运动，以及四肢协同运动的控制及姿势保持的调节。锥体外系受损则安静时四肢及躯干的姿势的稳定性，以及随意运动时的协调性出现异常。
小脑系
严格来讲，小脑也属锥体外系，但其也有着自己的独立性。小脑对精细随意运动进行实时控制。小脑损害则引起运动共济失调、协调运动障碍、协同运动障碍及运动测距障碍等。
脑瘫主要是大脑损伤所致的运动瘫痪，纯属小脑性瘫痪少见。实际上，小脑损害所致的异常常与大脑皮层或基底节性运动异常相并发。
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