氟西汀是抑郁症临床治疗的一线用药，其使用方便且安全。但也有一些不足之处，临床使用时需周全考虑。
1.由于其半衰期长使其不能迅速从血液中清除。
2.和其他与蛋白质结合更紧密的药物合并使用时，可能改变药物的血浆浓度，氟西汀及代谢产物可与其他药物发生反应，出现不良反应。
3.氟西汀经肝脏代谢，通过肝内P450ⅡD6酶代谢。氟西汀及其代谢产物对此酶有抑制作用，故当氟西汀与同用此酶代谢的其他抗抑郁药同用时，应从小剂量开始使用。
4.肝脏病人发生抑郁时，服用氟西汀半衰期延长，故肝脏病人应用氟西汀需谨慎，用量要小。
5.氟西汀经肾排泄，80﹪由尿排出，15﹪经大便排出，故肾功能严重失调病人应慎用。须用时应先隔一天或隔两天服用一次，根据情况再考虑是否加量。
6.氟西汀使用一般安全，极少有因过量服用氟西汀死亡的报道，但氟西汀无特定解毒剂，一旦过量使用只能给予保持呼吸道通畅、给氧、催吐、洗胃等对症处理。
7.尽管氟西汀作用选择性较高，但副作用仍不可避免，由于5-羟色胺系统过度活跃，有的病人可出现焦虑、紧张、激越、失眠、头疼、口干、恶心、呕吐、腹泻、便秘、体重下降、厌食等症状。故使用时应留意病人的进食情况，尤其是老年病人及营养不良病人。
8.此外氟西汀还可引起性快感缺失、性高潮延迟、射精困难、阴茎异常勃起、狂躁等问题。
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