精囊炎的治疗，之前一般采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施，但是结果并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，因此现在多主张手术切除，并配合局部治疗和抗生素治疗。
手术治疗
如果囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。精囊炎手术切除带来的并发症很轻微，也很少见，包括阴囊血肿，不育症。如果睾丸的血液供应受到影响，可以出现睾丸萎缩。不需要生育的中老年患者，可以接受小剂量Ｘ射线局部照射，既能促进囊肿萎缩，也无明显副作用。
局部治疗
局部治疗采用黄连素离子透入，大便后用1‰黄连素20毫升灌肠，用药浸湿纱布垫置于会阴部，并连接在直流电理疗器的阳极上，阴极敷于耻骨上，每次20分钟，每日一次，每10次一个疗程。温水坐浴及会阴部热敷，以改善局部血运，助炎症消退。
使用抗生素
急性精囊炎应治疗到症状完全消失后，再继续用药1～2周；慢性精囊炎则需继续用药4周以上，以巩固疗效。
细菌引起的精囊炎，可用抗生素把引起精囊炎的细菌彻底清除干净，只有经过化验发现细菌确实全部消失，才可以停药；如果病情比较严重，如出现尿道堵塞时，需住院治疗；发生血精者可用乙烯雌酚1毫克加强地松5毫克口服，每日3次，连服2～3周，多能使血精停止。
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